為培養從事醫藥、衛生、保健、永續環境等健康科學專業人才,本校於民國五十三年由創辦人王趁先生結合醫藥界與教育界先進籌創「私立嘉南藥學專科學校」。民國五十五年奉教育部核准立案。民國八十五年七月因辦學績效卓越,獲准升格改制為「嘉南藥理學院」,民國八十九年八月又因各項條件俱優,復獲准改名「嘉南藥理科技大學」。