濟世助人一直是行天宮的宗旨,而濟世助人最直接的方式就是「行醫」,因此在民國七十年,行天宮的信徒大會中,眾多信徒即提出興建醫院之建議。經過多方的審慎考量,行天宮董事會於民國七十九年決議興建「恩主公醫院」;歷經七年的努力,以及七十多萬信徒的護持下,恩主公醫院終於在民國八十六年九月竣工,十月開始門診,十一月全面開放,並於八十七年三月三日,舉行隆重的開幕典禮。