本校於1966年創立,原稱「台東縣立台東第一初級中學」,其後改名「台東縣立台東初級中學」, 1968年實施九國民義務教育,旋於同年九月改制為「台東縣立新生國民中學」至今。本校創立迄今歷經五任校長,首任校長蔡清祥先生,自1966年至1977年共服務十一年;第二任校長蔡芹能先生,自1977年至1986年止服務九年;第三任校長楊楊昭仁先生自1977年至1986年共服務三年,第四任校長施日進先生,自1989年至2000年共服務十一年;現任校長自2000年八月一日起到職迄今。