台東分院創立於1987年8月15日。二十餘年來,分院以台東縣內唯一區域教學醫院之角色,一直擔負著台東地區後送醫院的功能,並承辦台東區醫療網工作 ,定期舉辦醫療講座及出版刊物,以教育當地醫師, 每週定期至蘭嶼、綠島二離島及金峰鄉執行醫療整合照護計畫,及定期支援台東地區醫院、衛生所醫療服務。