行政院衛生署台南醫院前身為日據時代「台南州立病院」(台灣總督府台南醫院),創立於西元1896年(民前16年)3月30日。民國34年台灣光復,由台灣省行政長官公署接收,正名為「省立台南醫院」。88年7月1日,精省後改隸行政院衛生署,更名為「行政院衛生署台南醫院」。